A igreja é um dos marcos de fundação da cidade de Cuiabá, tendo sido construída em arquitetura de terra em torno de 1730, próximo às águas do córrego da Prainha, em cujas águas Miguel Sutil descobriu as minas de ouro que impulsionariam a colonização da região.

Sua fachada simples é típica da arquitetura colonial brasileira e esconde a decoração barroca-rococó nos altares do interior. Construída inicialmente com a técnica da taipa de pilão, passou por várias reformas, incluindo uma que transformou sua fachada em neogótica, entre as décadas de 1920 e 1980, quando foi reformada e a arquitetura colonial resgatada.

Tombada em 1975 pelo IPHAN, em 1987 pela Fundação Cultural de Mato Grosso e incluída no perímetro tombado do Centro Histórico de Cuiabá em 1993, é palco da Festa de São Benedito, mais longa festa religiosa do estado.