Graças aos esforços do Dr. José Carlos Pereira, terceiro Juiz do Foro de Minas de Cuiabá, depois ouvidor da Vila do Bom Jesus de Cuiabá, a construção da igreja teve início em 1782, e em novembro do mesmo ano já foi celebrada a primeira missa.

Durante a Guerra do Paraguai, foram transferidas imagens dos fortes de Coimbra e Corumbá. Ao longo dos anos, o templo passou por diversas reformas até chegar à composição arquitetônica que começa a ser definida em 1894 com a chegada da Missão Salesiana em Mato Grosso, dando-lhe o estilo colonial – neoclássico.

Em 1916 foi incorporado seu ultimo adereço a imagem do Cristo Redentor. A igreja foi tombada em 1987.